493/492 begann Themistokles mit der Verlegung des Hafens von Phaleron nach Peiraieus und seiner Befestigung von der Landseite her.
Perikles vollendete mit Hilfe des Stadtbaumeisters Hippodamos die Befestigung und die erforderlichen Bauten für Kriegs- und Handelshafen. Mauern- und Straßenanlage sind noch heute in ihrer Ausdehnung erkennbar. Sie stammen vom Neubau der themistokleischen Mauer durch Konon.
86 zerstörte Sulla die Mauern, Schiffshäuser, Skeuothek und andere Bauten.
Seit Hadrians Aufenthalt in Athen wurde dem Peiraieus neue Bedeutung zuteil.
Von Phaleron her sind drei Häfen zu unterscheiden:
der Munichiahafen
der Zeahafen, der Hauptkriegshafen mit 196 Kriegsschiffshäusern, Schuppen, Magazinen und der Skeuothek des Philon. (Westlich davon das Theater und das Grab des Themistokles)
der große Hafen oder Kantharos, der Handelshafen mit großen Hallen, dem Emporion und der Makra Stoa.
